设定与角色
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马克·米尔（英语：Mark Meer）（左）和詹妮弗·黑尔（右） 为游戏中的男性和女性主角薛帕德指挥官配音。
《质量效应》设定于2183年的银河系，质量中继器（Mass Relay）的发现使星际旅行成为可能，这一公共交通设施据信由一个已灭绝的外星种族——普洛仙（Prothean）建造[10]。术语“质量效应”被定义为质量否定技术的一种形式，其允许创造人工重力或超光速旅行等物理现象[11]。联合政府机构神堡议会（Citadel Council）控制了银河系的大部分地区，负责维护银河系各种族的法律与秩序[12]。属于神堡议会的种族有人类、阿莎丽（Asari）、赛拉睿（Salarian）和突锐（Turian）。游戏中出现的其他外星种族包括爬虫人克洛根（Krogan)，身着防护服的奎利（Quarian）以及与其敌对的网络人工智能桀斯（Geth）等。人类的代表是星系联盟（Systems Alliance），星联于2157年加入神堡议会。[13]
游戏主角是薛帕德指挥官，他是星系联盟特种部队计划的毕业生以及特种战术与侦察（幽灵，Spectre）部队第一个人类种族候选人，神堡议会授予幽灵特工更大的权力以保护银河系。薛帕德的小队成员有人类星系联盟陆战队凯登·阿兰科（Kaidan Alenko）、星联士兵阿什丽·威廉姆斯（Ashley Williams）、突锐神堡保安盖拉斯·瓦卡里安（Garrus Vakarian）、克洛根雇佣兵厄诺德·莱克斯（Urdnot Wrex）、奎利机械师塔莉'佐拉（Tali'Zorah）、阿莎丽外星考古学家莉亚娜·T'苏尼（Liara T'Soni）。其他角色包括诺曼底号（SSV Normandy）星舰舰长大卫·安德森（David Anderson）及飞行员杰夫·“Joker”·莫罗（Jeff "Joker" Moreau）等。[14]
故事
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薛帕德和凯登受命前往伊甸主星（Eden Prime）的人类殖民地回收出土的普洛仙信标。他们击退了桀斯的攻击，并拯救了阿什丽。叛变的突锐幽灵萨伦·阿特留斯（Saren Arterius）在逃跑前激活了信标。薛帕德抵达信标处并从中收到了战争与死亡的画面。唐纳尔·乌迪纳（Donnel Udina）大使将诺曼底号及其舰员召集到神堡空间站，没有确凿证据的薛帕德无法让神堡议会相信萨伦的背叛行为。薛帕德遇见了盖拉斯和莱克斯，并救下了塔莉，后者握有萨伦和阿莎丽女族长贝妮西亚（Benezia）之间的对话记录。记录中两人讨论了他们的胜利，同时还提到了神器“圣途”（Conduit）和收割者（Reaper）的回归，收割者是一种高度先进的机械种族，个体为合成有机星舰，据信其每过5万年消灭一次所有有机文明。议会解除了萨伦的幽灵身份，并任命薛帕德为第一名人类幽灵。安德森将诺曼底号的指挥权移交给薛帕德，薛帕德开始着手追查安德森和乌迪纳提供的几条线索。
在塞伦星球（Therum），薛帕德营救了贝妮西亚的女儿莉亚娜·T'苏尼，她因其强大的异能和对普洛仙的专业知识而加入薛帕德的小队。在菲洛斯星（Feros）的殖民地，薛帕德与萨伦的部队作战，并了解到他的旗舰霸主（Sovereign）拥有独特的精神控制能力。薛帕德于诺维利亚星（Noveria）追踪并击败了贝妮西亚，贝妮西亚透露她和萨伦正受到霸主的教化。与此同时，议会通知薛帕德，一支赛拉睿渗透部队发现了萨伦在沃梅尔星（Virmire）的主基地。薛帕德抵达后得知萨伦已经发现了治疗克洛根遗传疾病“基因噬体”（Genophage）的方法，并计划培育出一支势不可挡的克罗根战士军队。莱克斯和薛帕德在是否将解药摧毁一事上发生冲突，玩家可选择杀死莱克斯或说服他。冲突后，薛帕德放置炸弹协助赛拉睿人摧毁基地。在基地内部，薛帕德遇到了霸主，后者表明其真实身份为收割者。
霸主表示收割者仍在银河系之外，等待有机生命的进化并发现质量中继器，然后在文明到达巅峰时收割它们。之后，凯登和阿什丽在执行任务中受到敌方的牵制，薛帕德只能选择营救一人。薛帕德遭遇萨伦，萨伦声称他对霸主的效忠会证明有机生命对收割者的用处从而拯救他们。莉亚娜在后方的诺曼底号上确认了圣途的位置：一个名为埃洛斯（Ilos）的普洛仙星球。在那里，薛帕德得知神堡空间站实际上是一个巨大的质量中继器，而收割者使用它来入侵银河系。在上一个灭绝轮回中，一些普洛仙人通过深低溫保存的方式在埃洛斯星幸存，然后通过圣途——一个用逆向工程设计的微型质量中继器，伪装成空间站上的一个雕像——重新进入神堡。普洛仙人破坏了神堡，以防止收割者远程激活神堡质量中继器，而萨伦则企图恢复这一通道。
在神堡上与大量桀斯部队交战后，薛帕德找到了萨伦。如果薛帕德说服他反抗霸主，萨伦会自杀，否则他会被薛帕德杀死。载有神堡议会议员的旗舰天命超凡号（Destiny Ascension）此时请求援助。薛帕德必须选择冒着重大人员伤亡来拯救他们或者牺牲他们以追捕霸主。霸主控制萨伦的尸体攻击薛帕德，同时击退了星联部队。最终，薛帕德摧毁了萨伦的尸体，霸主被诺曼底号消灭。如果议会存活，人类会被邀请加入议会，否则，人类会成为新的领导者。无论怎样，薛帕德都可以提名安德森或乌迪纳担任这一新的领导职位。最后，薛帕德发誓要结束收割者的威胁。